Die heutige Gemeinde Berlin St.-Michaels-Heim entstand zum Jahresbeginn 2023 aus der Zusammenlegung der fünf (West-)Berliner Gemeinden Berlin-Hauptgemeinde, Berlin-Neukölln, Berlin-Steglitz, Berlin-Spandau und Berlin-Tempelhof. Bereits im Jahre 1998 wurde die Gemeinde Berlin-Gesundbrunnen mit der Gemeinde Velten zusammengelegt.
Diese sechs allein im westlichen Teil Berlins existierenden Gemeinden entstanden noch zur Lebenszeit des Kirchengründers Joseph Weißenberg – weit vor dem Zweiten Weltkrieg. Das von den Nationalsozialisten verhängte Kirchenverbot führte auch zum Verbot aller johannischen Gemeinden, deren Wiedergründung nach dem Zweiten Weltkrieg war.
Infolge des Mauerbaus wurden einige Berliner Kirchengemeinden geteilt, im Ostteil der Stadt sammelten sich die Kirchenmitglieder in den Gemeinden Schöneweide und Prenzlauer Berg, die sich nach der Wende zur Gemeinde Kaulsdorf vereinigten. Im Westteil der Stadt wuchsen die Gemeinden mit dem Erwerb des St.-Michaels-Heimes immer stärker zusammen.
Die Gemeindeveranstaltungen im St.-Michaels-Heim sind alle öffentlich, und jeder ist hier ein gern gesehener Gast. Damit vereinen sich im Haus die Ziele der Johannischen Kirche mit denen der einstigen Erbauer, der Familie Mendelssohn: Toleranz und Nächstenliebe.
